Dokuz Eylül Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü’nde lisansüstü eğitim enstitü müdürü ve iki enstitü müdür yardımcısı tarafından yürütülür. 

Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kurulu Enstitü Müdürü ve müdür yardımcılarına lisansüstü eğitime ilişkin verdikleri/verecekleri kararlarda yön verirler. 

Akademik kararların alınmasında etkili olan Enstitü Kurulu, Enstitü Müdürü, müdür yardımcıları ve enstitü anabilim dalı başkanlarından oluşur. 

Enstitü müdürü, enstitü müdür yardımcıları ve enstitü kurulunca seçilen üç öğretim üyesinden oluşan Enstitü Yönetim Kurulu enstitünün yönetimine ilişkin kararların alınmasında etkilidir. 

Yöneticiler 

– Prof.Dr. Okan FISTIKOĞLU, Müdür

– Prof.Dr. Cem KINCAL Müdür Yardımcısı

– Doç.Dr.  Serpil ÖZMIHÇI Müdür Yardımcısı

– Selma HARİRİ, Enstitü Sekreteri

Yönetim Kurulu

– Prof.Dr. Okan FISTIKOĞLU, İnşaat Mühendisliği Anabilim Dalı

– Prof.Dr. Cem KINCAL, Jeoloji Mühendisliği Anabilim Dalı

– Doç.Dr. Serpil ÖZMIHÇI, Çevre Mühendisliği Anabilim Dalı

– Prof.Dr. Neslihan DEMİREL , İstatistik Anabilim Dalı

– Prof.Dr. Yalçın ÇEBİ, Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalı

– Prof.Dr. Azize AYOL, Çevre Mühendisliği Anabilim Dalı